В 5-ом сезоне команде Атлантиды предстоит выбраться из ловушки, устроенной Рейфами, в которую, угодит и команда прибывшая им на помощь. Жителям Атлантиды, также, предстоит познакомиться и с новым членом экспедиции — капитаном Элисон Портер, новым главой экспедиции — Ричардом Вулси, узнать темную сторону Ронона и встретить новые расы, как дружественные, так и враждебные…

Четвёртый сезон начинается с членами экспедиции, работающими в поте лица чтобы сохранить крохи энергии от разряженного МНТ. Тем временем, их вовсю разыскивает полковник Картер на Аполлоне. Доктор Вейр находится на грани смерти, когда МакКей решает активизировать асуранских нанороботов в её теле, чтобы спасти её жизнь. Затем, он составляет дерзкий план по краже асуранского МНТ с помощью Вейр. Но команде удаётся сбежать лишь чудом, а Вейр оказывается в плену. Картер становится новым командиром Атлантиды, хотя многие члены экспедиции все еще надеются спасти Вейр.

Команде Атлантиды удалось остановить флот Рейфов, не дав ему достигнуть Земли, и потерпев очередное поражение с ретровирусом, команда встречает третий год в галактике Пегас. Всё еще находясь под опасностью нового вторжения Рейфов, они находят еще более страшных врагов расу Асуран. В результате неудачного эксперимента они полностью разрежают свой МНТ и снова остаются без надежных средств связи с Землёй и защитного поля для города. Однако очень скоро в космосе они находят затерянный корабль Древних, экипаж которого «конфискует» Атлантиду и выгоняет оттуда экспедицию, как только попадает в город. SGC посылает в город генерала О’Нилла и Ричарда Вулси с дипломатической миссией о восстановлении отношений между Землёй и Древними и возврате экспедиции в город. Однако очень скоро О’Нилл и Вулси связываются с Землёй и сообщают, что город захвачен Асуранами которые напали и убили Древних, но позже несмотря на противодействия командования основной команде Атлантиды удаётся отбить город у Асуран...

События этого сезона начались с того момента, где закончился первый сезон. Атлантиде удалось избежать уничтожения города рейфами и заставить их поверить в уничтожение города. Также членам экспедиции удаётся наладить периодическую связь с Землёй благодаря новому линейному крейсеру Земли, Дедалу, и новому МНТ. Шепард получает повышение до подполковника, а бывший беглец Ронон Декс занимает место лейтенанта Форда в команде...