Картер снаряжает команду по спасению Шеппарда и его подчиненных, которые угодили в прошлой серии в ловушку Майкла. К ней присоединяется новый член экспедиции - капитан Алисия Вега. Только команда не подозревает, что Майкл находится на орбите планеты и внимательно следит за действиями людей.

Когда таинственный инопланетный организм поражает болезнью Доктора Келлер, Беккет и команда отчаянно ищут сыворотку, чтобы спасти Дженнифер от развивающегося вируса прежде, чем он может заразить всю Атлантиду.

Ронан снова встречается со своим бывшим другом Тиром, который смог освободиться из-под власти Рейфов. Но вскоре сам Ронан попадает в плен Рейфов, и Шеппард с командой начинают задаваться вопросом - что будет, если Ронана обратят Рейфы в своего слугу.

Когда таинственный дубликат Дедала появляется на орбите планеты Атлантиды, команда Подполковника Шеппарда отправляется на борт, чтобы исследовать судно. Вскоре обнаруживается, что судно пустое и очень поврежденное, команда обнаруживает шокирующее видео сообщение от прежнего капитана. Но прежде чем они смогут понять ситуацию, судно начинает путешествовать по альтернативных реальностях.

Элизабет Вейр возвращается в Атлантиду, чтобы возобновить себе и своим товарищам репликаторам физические тела. Но прежде чем ей это позволят, команде Атлантиды предстоит выяснить, та ли Элизабет, за которую себя выдает.

В эпизоде, Родни Маккей страдает от умственной болезни, которая быстро отнимает у него его воспоминания и его идентичность.